Прошло два года с момента масштабного столкновения Автоботов и Десептиконов на Земле и года с лишним после гибели Фолена. Сэм скрывается со своей девушкой Микаэлой и учится в университете.
Отряд автоботов во главе с Оптимусом Праймом был снова воссоздан и вместе с людьми теперь уже майора Леннокса со спецподразделением под названием «NEST» (Networked Elements: Supporters and Transformers).
Мегатрон встал во главе Десептиконов и вновь пытается уничтожить Автоботов.